1993年12月2日，中央机构编制委员会办公室《关于中国劳动科学研究院机构编制的批复》（中编办〔1993〕66号），同意成立中国劳动科学研究院，并将劳动部原劳动科学研究所、劳动保护科学研究所、工资研究所、国际劳工研究所和职业技术教育中心研究所五个事业单位成建制划归中国劳动科学研究院。院机关及五个研究所事业编制总数为285名。期间,我院机构几经变化:
1994年2月，成立中国劳动科学研究院社会保险所（中编办〔1994〕11号），编制从中国劳动科学研究院现有编制内调剂解决。
1994年6月，职业技术教育中心研究所撤消后，成立劳动部职业技能鉴定中心（中编办〔1994〕120号）。
1998年12月，机构改革时将劳动保护科学研究所划转到国家经贸委，原核定的劳科院全额拨款事业编制总数由285名减至185名。
1999年6月，我院由“中国劳动科学研究院”更名为“中国劳动保障科学研究院”（中编办〔1999〕46号）。
院成立以来，历任院长分别是：程映雪(1993.12--1995.2) ；宋晓梧(1995.2--1996.2) ；王东岩(1996.2--1998.5) ；刘贯学(1998.5--1999.4)；田小宝(1999.4-- 今)。
10年中共评聘24名研究员、3名译审、21名高级工程师、48名副研究员、1名高级记者、1名副编审、2名高级经济师、128名中级职称研究人员。科研人才队伍的专业构成涉及多个方面，涵盖了劳动保障科研领域的全部内容 。
10年来共开展并完成各类科研课题300余项，其中国家级27项、部级126项、院级130余项。出版了一系列重要著作。2001年9月，《中国劳动保障科学研究院工作年报》编辑出版。2002年4月30日，我院组织完成了第一部《中国的劳动和社会保障状况》白皮书并由国务院新闻办公室正式向国内外发表。从2001年开始，我院每年召开一次科研工作会议，使地方劳动保障部门研究机构、以及院校和科研单位的专家学者加强了沟通，促进了科研工作的开展。
2002年11月8日，院正式对外开通了《中国劳动保障科研网》。该网包括一院(劳科院)四所(劳动科学研究所、劳动工资研究所、社会保险研究所、劳工与信息研究所)一会(中国劳动学会)两级网站，同时还为地方劳动保障科研机构设置了网页，是一个综合性科研信息资源网络服务和管理系统。该网的建立实现了“传输通畅、配置合理、功能齐全、资源共享”的信息网络系统、资源汇集系统和应用服务系统的目标，改善了科研环境和条件。目前，院内的每位工作人员均可通过计算机在不同的地方查阅国内外各种信息和院内的最新动态。
2001年5月23日，“国家图书馆劳动和社会保障部分馆”在中国劳动保障科学研究院正式挂牌，劳动和社会保障部王东进副部长和文化部周和平副部长出席会议并讲话。劳动保障部办公厅与国家图书馆负责同志在双方资源共享共建协议上签字。该馆依托《中国劳动保障科研网》，把部分馆藏核心文献数据化，方便了读者；加工了180多个国际劳工公约和建议书(中文版),30多个国外劳动保障法规的全文数据,加工了一批典型劳动保障案例数据,还创办了《图书文献快报》，介绍馆藏劳动保障文献信息；利用本馆和国家图书馆文献资源，为部机关有关司局和院所开展研究提供专题文献资料查询服务，同时为读者开展了图书代借代还业务。
10年来根据业务需要共派出60余个团组，先后赴28个国家和地区国（境）外进行培训和考察，接待上百次国（境）外有关机构来访。与俄罗斯劳科所、韩国劳动研究院、日本劳动研究机构、越南劳动科学研究所建立了合作关系，并实现了互访；与国际应用系统分析研究所、法国国际社会合作研究所、美国美中关系全国委员会、英国英中关系协会等机构建立了合作交流；与世界银行、国际货币基金组织、亚洲开发银行、国际劳工组织等国际组织和研究机构开展了研究合作。此外，我院于1995年12月、2000年11月，连续两次取得由国家外国专家局认定的具有组织派遣团组和人员出国培训工作资格单位。
我院从1996年-2002年，连续7年被评为中央国家机关文明单位。连续三年（1996-1998年）获得劳动部职工歌咏比赛第一名和优秀组织奖，并获得永久保留金杯荣誉。
我院王东岩、张军山二同志家庭于1996年7月、2001年3月分别被评为中央国家机关五好家庭。事故调查分析中心团支部于1997年被评为劳动部第一个获得中央国家机关青年文明号的优秀青年集体。国际劳工研究所党支部于1997年获得中央国家机关先进基层党支部称号。
2001年5月，我院第一届职工代表大会召开。田小宝院长向职工代表报告了院行政管理工作和发展规划，听取了职工代表的意见和建议。院职代会坚持民主参与管理的做法被中央国家机关联合会作为经验推广。
10年来，我院先后对科研环境进行了综合整治，完成了科研楼电力增容和电梯、高压年检及高压线路的检修，对取暖锅炉、地下管道、电气设备进行保养和维修，更新院所办公用具，大楼消防设施，努力创造良好的科研环境和工作条件，保障了科研工作的正常运行。
2002年10月，我院“北京科思职业能力开发中心”在京注册成立。该中心是依据相关法律条例，由我院自筹资金、面向社会举办公益性的办学机构。
2002年12月，我院“北京天宝物业管理有限公司”注册成立。这是我院行政后勤管理服务改革迈出的重要一步。
2002年5月，我院成立离退休干部管理处，设专人负责50多位离退休老同志的日常管理服务工作。
